知识产权纠纷主要是指知识产权人因行使知识产权或不特定第三人侵犯自己的知识产权与不特定第三人产生的争议。主要包括归属权纠纷、侵权纠纷、合同纠纷，以及对知识产权行政管理机关所做出的决定不服而引起的行政纠纷。
在专利民事案件中权利要求解释是焦点和难点，商标民事案件中商标近似和商品类似的判断是常见主要焦点问题之一，显著性判断驰名商标跨类保护、代理人抢注、知名品牌利益保护的商标纠纷、商标先用权抗辩等问题也是多发争议问题， 著作权案件中计算机软件的著作权保护是难点，不正当竞争案件中涉及技术秘密、客户名单、包装装潢、虚假宣传等不同类型，反不正当竞争法保护的内容和边界仍是重大案件争议焦点。
